CLC Assembly Cell
CLC Assembly Cell はリードマッピングや 次世代シーケンシングデータの de novo アセンブリのための高性能コンピューティングソリューションです。
CLC Assembly Cell のコマンドラインインタフェースにより、その機能をスクリプトや他の次世代シーケンシングワークフローに容易に加えることを可能にします。
CLC Assembly Cell は、アセンブリのアルゴリズムを並列化して高速化するために SMID 命令を使っています。これにより現在のアセンブラーでは最も速いプログラムとなりました。
Assembly Cell に関するホワイトペーパーを用意しております。このホワイトペーパーではサイズの異なるゲノムでのアッセンブリについて、コンピュータのスペックと共に紹介しています。ダウンロードはこちら
CLC Assembly Cell トライアルをダウンロード
de novo アセンブリについてのお客様のインタビュー動画－是非ご覧ください
Click to enlargen.CLC Assembly Cell の主な機能:
- リードマッピング
- Illumina Genome Analyzer、SOLiD、および454のシーケンシングデータのリードマッピング
- ネイティブ Color Space アセンブリのサポート
- 454 / Tinanium データを含むショートリードとロングリードのサポート
- ショートリードアセンブリ時の、アラインメント（ギャップあり）とアラインメント（ギャップなし）のサポート
- ペアエンドリードのアセンブリのサポート
- De novo アセンブリ
- Illumina Genome Analyzer および454のシーケンシングデータの De novo アセンブリ
- 454 / Tinanium データを含むショートリードとロングリードのサポート
- ペアエンドリードの de novo アセンブリのサポート
- その他の解析
- 生データの高速解析およびレポート
- タイプの異なるデータ（別のテクノロジーによってシーケンスされたデータ）を1つのデータとして同じ解析に使うことが可能
- アセンブリの一部からのデータ抽出: 興味の対象となるコンティグやリードの抽出、また品質に問題のあるシーケンスレーンの削除
- 変異発見（シンプルな SNP 検出）
- Fasta、Sff、GenBank、csfasta、および scarf 等の入力ファイルフォーマットのサポート
- アセンブリ情報やテーブルを含む、多くの出力オプション
- 概要が見れるグラフィカルアセンブリビューアー
- CLC Genomics Workbench との完全統合 CLC Assembly Cell からの出力データは CLC Genomics Workbench へインポートし、さらに解析を行うことが可能です
図1: SIMD 加速アルゴリズムの使用により CLC Assembly Cell は高速でアッセンブリを行います。ヒトゲノム全体（＝約1 カバレッジ）に対して8600万35 bp のリードのデータセットをアセンブリする速度は以下の通りです。ショートリードに対して2つの一般的なアセンブリアルゴリズムの速度を比較しました。
CLC Assembly Cell はマルチノードコンピュータ・クラスター上で同様に稼動できます。詳細はこちら
CLC Assembly Cell は Mac OS X、Windows 、そして Linux プラットフォーム上で稼動します。
Rutger 大学の助教授、Todd P. Michael 博士
次世代シーケンシングデータを使った CLC bio 社のリードマッピングの新しいアルゴリズム速度は現在どの競争相手にも負けないレベルに水準を上げています。CL bio 社が引き続きこのような素晴らしい速さで開発を進めていけば、SOLiD のカラースペースデータ解析も扱うようになるはずです。そして容易に次世代シーケンシング解析を行っている科学者のための現実のツールとなるはずです。
製品案内 |
ダウンロード | |
 |
CLC Assembly Cell |  英語 |
