タンパク質解析のための高度な Workbench
製品の特徴
CLC Protein Workbench は以下の機能を含んでいます。
タンパク質配列解析
- 統合された 3D 分子表示
- 膜貫通へリックス予測
- 抗原性
- 二次タンパク質構造予測
- PFAM ドメイン検索
- シグナルペプチドとそれらの切断部位のウェブベース予測（http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/にあるSignalP）
- 疎水性解析とグラフ
- タンパク質電荷解析とグラフ
- タンパク質から遺伝子への逆翻訳（複数の翻訳表）
- DNA や RNA をタンパク質へインタラクティブな翻訳（単一配列とアラインメントの両方）
- タンパク分解切断検
- タンパク質統計レポート（各レポートごとに1つ、またはそれ以上のタンパク質を含む）
- 様々なタンパク質解析結果を含んだ包括的なレポートを1つの資料として作成
データベース検索
- BLAST を使用したウェブベースの配列検索
- ローカルデータベースの BLAST
- ローカル BLAST データベースの作成
- GenBank Entrez 検索
- UniProt 検索（SwissProt / TrEMBL）
- PubMed 検索
- UniProt、NCBI、そして Google でのウェブベース検索
パターン検索
プロジェクトとデータ管理
- データの入力、データ管理、計算結果、およびデータエクスポートの完全統合
- 詳細な履歴ログ
- あらゆる種類のファイルをローカルプロジェクトに保存およびプログラムからの起動が可能
- 様々なファイル形式に対応したデータのインポートおよびエクスポート
- いくつかの進行中のワークスペースごとに処理を行うことができ、これにより複数のプロジェクトを同時に進めることができる
その他のバイオインフォマティクスの特徴
- 直鎖分子と環状分子で表示する DNA、RNA、およびタンパク質配列エディター
- DNA、RNA、およびタンパク質の複数アラインメント
- 複数アラインメントの結合
- DNA、RNA、およびタンパク質アラインメントエディター
- DNA、RNA、およびタンパク質アラインメントのインタラクティブなロゴグラフ
- 一度の作業ステップで複数の解析処理を行うバッチ処理
- 高度な再アラインメントと不動点アラインメントオプション
- 配列のアノテーション付け（マニュアルアノテーション）
- Dot Plot に基づいた解析
- Local complexity region 解析と complexity plots
- ギャップ比率のグラフ
- G/C content 解析とグラフ
- 高度なペアワイズ比較
- アノテーションの抽出
