CLC bio: Compare desktop applications

製品と特徴の比較

	データ構造とデータ共有
	あらゆる種類のファイルをローカルプロジェクトに保存可能
	CLC Bioinformatics Database のためのフルサポート

印刷 / 記録

	記録と画像の印刷
	ユーザー定義の画像出力

インポート / エクスポート

	ユーザー定義の図形を様々な図形ファイル形式へエクスポート
	様々なファイル形式におけるデータのインポートおよびエクスポート

履歴

	詳細な履歴ログ

バッチ処理

	一度の作業ステップによる複数の解析処理

ソリューションのカスタマイズ

	Workbench の全カスタマイズ

次世代シーケンシング

ゲノミクス

	複合データセットの de novo アセンブリ
	コンティグレポート
	複合データセットのレファレンスアセンブリ
	大規模変異と再配列の検出
	アノテーションに基づいたレファレンスアセンブリのマスキング（例）エクソン
	ゲノムアセンブリのインタラクティブかつズーム可能なビューアー
	Ploidity の選択を含む高度な SNP 検出
	SNP レポート
	Ploidity の選択を含む高度な DIP 検出
	DIP レポート

トランスクリプトミクス

	マイクロアレイによる発現データのサポート
	シーケンス（RNA-seq）に基づいた発現データのサポート
	遺伝子発現測定(RPKM)の計算
	発現測定に基づいて計算された発現レベルを比較する高度な RNA-seq の出力
	新しい転写産物 / エクソンの発見
	アセンブリのインタラクティブなビューアーと検出された遺伝子発現データ
	視覚化: インタラクティブなヒートマップ、表、およびプロット表示
	変換と正規化ツール
	品質管理ツール
	2群又は多群間での多重比較
	多重比較(ボンフェローニ法や FDR )によって調整された p 値
	様々なクラスタリングアルゴリズム
	NetAffx、Illumina アノテーションアレイそして実験にアノテーション付け等をインポートする機能
	Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) と代表の多過ぎるアノテーションカテゴリー（例: 'GO' stats や特定の protain pathways）のための超幾何学に基づいたテストを行うためのツール
	GFF や GTF ファイルから配列にアノテーションを付ける機能

エピゲノミクス

	クロマチン免疫沈降配列解析
	ピークの発見とピークの精査
	バックグラウンド分布のグラフや表の表示そして false discovery rate
	ピークの表とアノテーション

一般的な NGS の特徴

	ファイル名によるマルチプレックスシーケンスのサポート
	サンプル特有のタグによるマルチプレックスシーケンスのサポート
	生データにおける品質記録と統計

バイオインフォマティクスのその他の特徴

RNA ニ次構造

	二次構造予測
	高度なオプション
	二次構造のグラフィカル表示と編集
	構造とエネルギー分布の表形式表示
	配列の記号表示

BLAST 検索

	BLAST 検索
	ローカル BLAST データベースの作成
	BLAST の結果表 (簡単なデータ概略)
	ローカルデータベースに対する BLAST
	BLAST を使用したウェブベースの配列検索
	BLAST 検索のグラフィカル表示
	BLAST を使用した SNP アノテーション

他のデータベース検索

	GenBank Entrez 検索
	UniProt 検索 (Swiss-Prot / TrEMBL)
	PubMed 検索
	配列データのウェブベース検索

タンパク質解析

	統合された3D 分子ビューアー
	2D、3D における配列の同時表示
	疎水性解析
	抗原性解析
	タンパク質電荷解析
	DNA タンパク質から DNA への逆翻訳
	タンパク質分解切断検出
	singal peptides (SignalP) 予測
	膜貫通ヘリックス予測 (TMHMM)
	ニ次タンパク質構造予測
	PFAM ドメイン検索

Dot plots

	Dot plot に基づいた解析

プライマーデザイン

	高度な自動プライマーデザインツール
	In silico PCR
	詳細なプライマーと分析パラメータ
	プライマーのグラフィカル表示
	プライマーデザイン出力の生成
	一般的な PCR のサポート
	Nested PCR のサポート
	TaqMan PCR のサポート
	配列プライマーのサポート
	アラインメントに基づいたプライマーデザイン
	アラインメントに基づいた TaqMan probedesign
	プライマーを配列に適合
	プライマー発注のための情報抽出
	プライマーの性質の高度な解析

Sanger 配列データのアセンブリ

	高度なコンティグアセンブリ
	トレースデータのインポート、表示、および編集
	Trim 配列のトリミング
	二次ピークの呼出
	レファレンス配列を使用しないアセンブル
	レファレンス配列へのアセンブル
	既存のコンティグへのアセンブル
	コンティグの表示
	コンティグの編集
	アセンブルされたコンティグ表の表示(簡単なデータ概略)

分子クローニング

	高度な分子クローニング
	Gateway クローニング
	In Silico クローニングのグラフィカル表示
	高度な配列操作

仮想ゲルビューアー

	完全に統合された仮想の1D DNA ゲルシミュレーター

パターン発見

	配列適合の検索
	基本パターンのモチーフ検索
	正規表現によるモチーフ検索
	PROSITE パターンによるモチーフ検索
	パターン発見

一般的な配列解析

	直鎖状配列表示
	円形配列表示
	テキストに基づいた配列表示
	異なった配列表示間のワンクリック切替
	配列編集
	配列アノテーションの追加と編集
	配列統計
	シャッフル配列
	Local complexity region 解析
	高度なタンパク質統計
	包括的なタンパク質の特性レポート
	多重配列を1つに結合
	アノテーションの抽出

ヌクレオチド解析

	基本的な遺伝子検索
	アノテーションをなくさず相補体を逆転
	高度なインタラクティブ restriction site 解析
	DNA からタンパク質への配列翻訳
	配列とアラインメントのインタラクティブ翻訳
	G/C 含有量解析とグラフ

配列アラインメント

	多配列アラインメント（Two proprietary algorithms）
	ClustalW
	Muscle
	T-Coffee
	MAFFT
	Kalign
	高度な再アラインメントとアラインメント調整オプション
	高度なアラインメント編集オプション
	多重アラインメントの結合
	コンセンサス配列の決定と管理
	配列保存スコア
	DNA、RNA、およびタンパク質アラインメントに沿った配列ロゴを表示させたグラフ
	ギャップ比率のグラフ
	アラインメントにおける配列間のコピー機能
	高度なペアワイズ比較

系統樹

	近傍結合と UPGMA 系統発生

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